Потеряли свои должности начальники управления следственных изоляторов и тюрем Валерий Телюх, управления по работе с личным составом Борис Гонцов, управления охраны Александр Новиков, управления исполнения наказаний, не связанных с лишением свободы, Федор Ручкин, управления конвоирования и спецперевозок Владимир Репьев, медицинского управления Владимир Троицкий, управления кадров и профессионального образования Сергей Ширшов, управления оперативно-технических и поисковых мероприятий Игорь Бачурин, управления инженерно-технического обеспечения и вооружения Дмитрий Бородулин. Практически все уволенные сотрудники службы за редким исключением носили звания генералов.

В октябре Президент отправил в отставку четырех заместителей директора ФСИН, чьи места заняли служивший ранее в кадровых службах МВД Василий Большаков, экс-управделами Минюста Сергей Румянцев и бывший советник министра юстиции РФ Александр Смирнов. Новым начальником организационно-инспекторского управления стал бывший заместитель начальника ГУВД по Самарской области Леонид Беляев. На пост начальника управления социальной, психологической и воспитательной работы с осужденными назначен экс-начальник УГИБДД ГУВД по Самарской области Валерий Трофимов. Наконец, должность начальника управления капитального строительства ФСИН занял Сергей Обух, ранее занимавшийся аналогичной работой в Минюсте РФ.

Генеральский звездопад случился не только в центральном аппарате ФСИН. Потеряли свои должности главы управлений ФСИН по Москве Владимир Давыдов, по Московской области Петр Посмаков, по Санкт-Петербургу и Ленинградской области Владимир Маленчук. Кроме того, от работы отстранены начальники региональных управлений ФСИН по Тульской, Тюменской областям, Вологодской и Воронежской областям, Забайкальскому краю, Республике Саха (Якутия), Коми, Татарстану...

Руководство ФСИН не скрывает, что кадровые перестановки вызваны масштабной структурной реформой, которую проводит новый директор этой службы Александр Реймер. 31 октября этого года Президент подписал соответствующий указ № 1229 «Об утверждении перечня должностей высшего начальствующего состава в учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы и соответствующих этим должностям специальных званий».

В то же время сам Реймер признал в эфире радиостанции «Эхо Москвы», что на ряд кадровых решений повлиял скандал из-за смерти Магнитского. Президент РФ Дмитрий Медведев поручил провести проверку по факту его гибели юриста генпрокурору Юрию Чайке и министру юстиции Александру Коновалову. Сейчас следственный комитет расследует уголовное дело по статьям «Неоказание помощи больному» и «Халатность». Так, если большинство отстраненных указом Президента руководителей ФСИН в будущем, вероятнее всего, получат новые назначения, то экс-начальник управления по Москве генерал Владимир Давыдов вообще будет уволен со службы, о чем уже объявил директор ФСИН. Кроме того, Реймер своим приказом освободил от занимаемых должностей начальников изоляторов «Матросская тишина» Фикрета Тагиева и «Бутырский» Дмитрия Комнова. Именно в них находился под следствием юрист Магнитский. По словам его адвоката Дмитрия Харитонова, «организация медицинской помощи в Бутырской тюрьме отвратительная, и ответственность за это полностью ложится на начальника СИЗО». Так же считает и глава общественной наблюдательной комиссии за местами принудительной изоляции от общества в Москве, бывший депутат Госдумы Валерий Борщев.

Согласно плану кардинальной реформы ФСИН, на смену исправительно-трудовым колониям и лагерям должны прийти тюрьмы и колонии-поселения. По словам Реймера, «исправительно-трудовые колонии и лагеря — наследие сталинских 30-х годов, на сегодняшний день они не выполняют свою задачу исполнения наказаний в том виде и с тем эффектом, с которым это предполагается. Они должны прекратить свое существование, а на смену им придут тюрьмы и колонии-поселения».

Согласно реформе, озвученной Реймером, особо опасные преступники-рецидивисты и осужденные за преступление впервые будут отбывать наказание раздельно. Первые будут отбывать наказание в тюрьмах с тремя видами режима, а вторые - в колониях-поселениях двух видов: либо в колонии-поселении с обычным режимом, либо в колонии с усиленным режимом наблюдения.

Тюрьмы будут общего, строгого и особого режима. По словам Реймера, «в тюрьмах особого режима будут содержаться преступники, осужденные к пожизненному сроку заключения, и, возможно, лидеры организованных преступных формирований».

Колонии-поселения с усиленным наблюдением будут размещаться на базах существующих исправительных колоний, где есть мощная производственная база. Колонии-поселения с обычным режимом планируется организовывать либо на больших стройках, либо в городах с крупными промышленными предприятиями, где в большом количестве требуется труд невысокой квалификации. По мнению директора ФСИН, «одна из основных задач – занять осужденных трудом».

Как заявил член комитета Госдумы по гражданскому, уголовному, арбитражному и процессуальному законодательству Дмитрий Вяткин, «реформа направлена на то, чтобы система исполнения наказаний соответствовала требованиям Совета Европы. Сейчас в следственных изоляторах не хватает мест, а потому условия там очень плохие, хотя там зачастую находятся невиновные люди, которых через год-два оправдывают. То же самое касается изоляторов временного содержания: если мы хотим расширить применение такого наказания, как административный арест, то надо и там навести порядок. Что касается колоний и тюрем, то они должны давать человеку шанс на возвращение в нормальную жизнь. Там должна быть работа, нормальные условия для реабилитации. В то же время нужно исключить даже малейшую возможность перехода мест лишения свободы под контроль криминалитета». По мнению главы Московской Хельсинкской группы Людмилы Алексеевой, «новый руководитель ФСИН имеет серьезный радикальный план реформы пенитенциарной системы, которая бы гуманизировала, очеловечила ее».