Противостояние федерального и республиканского руководства партии власти вокруг личности Хабирова началось в июне этого года. Его ждало высокое назначение - первым замначальника управления Президента РФ по внутренней политике, где он должен был курировать, в том числе, взаимодействие с субъектами РФ в вопросах кадровых назначений. Однако Рахимов тут же отстранил, а затем и уволил главу своей администрации за «грубые нарушения должностных обязанностей, выразившиеся в предоставлении неполных сведений об объектах недвижимого имущества, находящихся в пользовании, незаконном предоставлении жилых помещений, а также незаконной даче распоряжений по реализации нежилых помещений и предоставлению единовременных субсидий на приобретение жилой площади». А в муниципальной газете вышел материал, утверждавший, что Хабиров еще и продавал депутатские места по негласному прайс-листу, в котором, например, место в Госдуме стоило 30 млн. руб., а в Госсобрании Башкирии - 6 млн. рублей. Возмущенный Хабиров подал судебный иск в газете и выиграл его. Однако события развивались по нарастающей.

Хабиров был исключен из членов «Единой России». Поводом стали неуплата членских взносов с июля 2007 года по апрель 2008 года и «неправомерное вмешательство с использованием своего служебного положения» в ходе выборов в Госдуму в декабре 2007 года. Дескать, Хабиров, который был руководителем штаба регионального отделения «Единой России», потребовал изменить свыше 40 тыс. голосов избирателей, отданных за партию власти, в пользу КПРФ и «Справедливой России». Тут же спешно депутаты Госсобрания приняли обращение к Президенту РФ, в котором предложили ускорить принятие федерального закона о запрете приема на службу граждан, уволенных с нее по дискредитирующим обстоятельствам. В документе говорится, что в регионе приняты «реальные меры по противодействию коррупции».

По мнению независимых наблюдателей, причиной конфликта Рахимова с Хабировым могли стать неприязненные отношения последнего с сыном башкирского президента Уралом Рахимовым. По слухам, их причиной стало обвинение Хабировым Рахимова-младшего в попытке «переворота руководства парламента республики» и доклад о его нарушениях, представленный Хабировым президенту-отцу. Кроме того, Рахимов мог почувствовать в Хабирове угрозу своему креслу, ведь нынешнему главе уже 74 года, и Центр вполне может увидеть в молодом башкирском чиновнике его преемника.

Однако опального чиновника, неожиданно для башкирских властей, защитило руководство «Единой России». 29 июля бюро высшего совета партии, рассмотрев во внеочередном порядке жалобу Хабирова, восстановило его в партии, указав, что мотивы исключения «недостаточно обоснованы». Одним из аргументов было то, что Хабиров успешно возглавлял республиканские избирательные штабы кандидатов на пост Президента РФ Владимира Путина в 2004 году и Дмитрия Медведева в 2008 году.

Но Рахимов не собирался отступать. 25 августа следственное управление МВД по Республике Башкортостан, несмотря на протесты центрального аппарата МВД, возбудило против Хабирова уголовное дело по статье «получение должностным лицом взятки за незаконные действия». Дескать, еще в 2003 году, занимая пост декана юридического факультета института права БГУ, он за 5 тыс. долларов выдал студенту липовый диплом.

Два дня спустя, 27 августа, глава кремлевской администрации Сергей Нарышкин подписывает распоряжение о назначении Хабирова главой департамента по взаимодействию с Федеральным собранием и политическими партиями управления Президента РФ по внутренней политике. Но 29 августа башкирские «единороссы» на заседании регионального политсовета уже вторично исключают Хабирова из «Единой России». Кроме того, на политсовете было отмечено, что решение о восстановлении в партии Хабирова было принято без приглашения на заседание партбюро кого-либо из башкирских лидеров и потому не учитывало причин их решения. По словам главы исполкома регионального отделения «Единой России» Исмагила Габитова, «это дурно пахнет, если Хабиров будет работать в администрации Президента РФ».

Однако, как отметил глава центрального исполкома партии Андрей Воробьев, в руководстве «Единой России» бывшего директора института права Башкирского госуниверситета Хабирова считают компетентным, грамотным человеком и не находят причин для его исключения. По словам Воробьева, «башкирские коллеги подошли к этому вопросу очень легкомысленно», и федеральное руководство партии вновь займется этой проблемой и рассмотрит сложившуюся в башкирском отделении ситуацию. Очевидно, что тем самым Рахимову был направлен явный сигнал, что он-де превысил грань дозволенного, вмешиваясь в прерогативы Центра по выстраиванию кадровой политики в стране, в том числе в руководстве ее субъектов РФ.